管理工程系源于1984年的系統工程研究室和成立于1985年的管理信息教研室，1997年由兩者合并成立管理工程系；目前擁有電子商務本科專業、管理科學與工程一級學科碩士點、工業工程專業學位碩士點、管理科學與工程一級學科博士點及博士後流動站；管理科學與工程學科是黑龍江省重點學科，在全國102所高校中排名第24（2012年教育部學位中心一級學科評估）；電子商務專業是黑龍江省重點本科專業，在全國295所高校中排名第15（2016年中國大學及學科專業評價報告）；主要研究方向：信息技術與信息管理、管理系統工程、災難與危機管理、船舶工業/工程管理、供應鍊與物流管理，其中災難與危機管理、船舶工業/工程管理是學校特色研究方向；主持國家自然科學基金等國家級項目10餘項，省部級項目20餘項，在國内外重要學術期刊發表論文200多篇，獲省部級科研獎勵10餘項。